Sono cinque i momenti fondamentali che definiscono le aree tematiche. La prima sezione si intitola Il bivio e affronta gli esordi del pittore e le sue produzioni cretesi, fino al suo apprendistato a Venezia e Roma dove abbandona la maniera greca per sposare la maniera latina. Nella seconda, Dialoghi con l'Italia, si possono ammirare i suoi capolavori direttamente ispirati a Michelangelo, Tiziano e i Bassano: qui ogni quadro è legato da un filo artistico unico. Nella terza, Dipingendo la Santità, si può ammirare la prima fase di El Greco a Toledo dove, per via anche del mercato, si dedica a scene religiose e dipinti devozionali. La quarta sezione, L'Icona, di nuovo, illustra come l'artista torni al sistema compositivo delle icone di Creta, sviluppando un approccio diretto e frontale che esprime una profonda introspezione, concentrandosi sull'espressività dei gesti ma rimanendo nel tema devozionale. Conclude la mostra una sezione in cui si rende omaggio all’unica opera mitologica realizzata da El Greco, El Greco nel Labirinto, ancora oggi non completamente interpretata.
«Milano, con una lunga tradizione nel campo dell'arte, è lieta di ospitare una mostra dedicata ad un artista di grande rilevanza come El Greco, un'opportunità unica per cittadini e turisti di immergersi nell'affascinante mondo artistico di uno dei pittori più influenti della storia dell'arte», commenta l'assessore alla cultura Tommaso Sacchi, mentre il sottosegretario di stato al Ministero della Cultura Vittorio Sgarbi definisce El Greco «un grande pittore italiano, veneziano e universale, un immenso pittore contemporaneo». Prosegue Sgarbi: «guardo con ammirazione El Greco perché è effettivamente più contemporaneo di tanti artisti contemporanei, e perché è diventato quello che è diventato in opposizione a Michelangelo e alla grande pittura romana. A Roma veniva chiamato uno stupido straniero; e lui rispondeva: un brav'uomo Michelangelo, ma non sapeva dipingere».
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