Ben più fitto e articolato l'elenco delle strade chiuse domenica 6 aprile in occasione della vera e propria maratona, che prevede un percorso ad anello lungo 42,195 chilometri con partenza e arrivo piazza Duomo. Il percorso tocca luoghi simbolo di Milano, dal Teatro alla Scala al Castello Sforzesco, da CityLife a San Siro, fino al Gallaratese per poi tornare verso il centro.

Di seguito il percorso dettagliato della Milano Marathon 2025 con l'elenco completo delle strade chiuse al traffico e i rispettivi orari:
- Start - Km 6,5 (chiusura dalle 7.30 alle 12.00) - Piazza Duomo (partenza lato Galleria Vittorio Emanuele), via Mengoni, via Santa Margherita, piazza della Scala, via Manzoni, piazza Cavour, via Senato, via San Damiano, via Visconti Di Modrone, via Mascagni, via Bianca Maria (contromano), viale Majno (contromano), piazzale Oberdan, Bastioni di Porta Venezia (contromano), via Città di Fiume (contromano), piazza della Repubblica (contromano), viale Monte Santo (contromano), piazza Principessa Clotilde (contromano), Bastioni Di Porta Nuova (contromano), piazza 25 Aprile, viale Crispi, Bastioni di Porta Volta, piazzale Bancamano, piazza Lega Lombarda, viale Elvezia, viale Douhet, via Melzi D’Eril, via Canova
- Km 6,5 - Km 9,8 e Km 36,7 - Km 39,9 (chiusura dalle 7.30 alle 16.00) - Via Canova (contromano), viale Milton (contromano), viale Molière (contromano), viale Alemagna (contromano), viale Gadio (contromano), piazza del Cannone, viale Gadio, via Legnano, piazza Lega Lombarda, piazzale Biancamano, via della Moscova, via della Moscova (contromano), via San Marco, piazza San Marco
- Km 9,8 - Km 16 (chiusura dalle 8.00 alle 12.30) - Via Pontaccio, via Tivoli (contromano), Foro Buonaparte, largo Cairoli, piazzale Cadorna, via Boccaccio, piazza Virgilio, via Monti, via XX Settembre, piazza della Conciliazione, via Da Giussano, via D'Arezzo, via del Burchiello, via Giotto, via Buonarroti (contromano), inversione a U prima dipiazza Wagner, piazza Buonarroti, via Monte Rosa, piazza Amendola, viale Ezio, piazza Giulio Cesare, viale Belisario, viale Cassiodoro, piazza VI Febbraio, viale Boezio, inversione a U in largo Domodossola, viale Boezio (carreggiata laterale), entrata Parco CityLife
- Km 16 - Km 22 (chiusura dalle 8.20 alle 12.50) - Viale Eginardo, viale Scarampo, sottopasso, viale De Gasperi, piazzale Kennedy (contromano), via Quattrocchi (contromano), via Sant'Elia (contromano), via Diomede, piazzale Lotto, viale Caprilli, piazzale dello Sport
- Km 22 - Km 27 (chiusura dalle 8.30 alle 13.30) - Via Achille, via Tesio, via Harar, via Novara, via Cascina Bellaria, via fratelli Gorlini, via Lampugnano, via Angioletti, via Balla, via Mafalda di Savoia, via Lampugnano
- Km 27 - Km 32 (chiusura dalle 8.50 alle 14.00) - Via Lampugnano, via Omodeo, via Cechov, via Kant, via Croce, via Quattrocchi (contromano), viale De Gasperi (contromano), inversione a U in viale De Gasperi, via Grosio, via Gallarate
- Km 32 - Km 36,7 (chiusura dalle 9.00 alle 15.00) - Via Gallarate, piazzale Accursio, via Papa, via Don Palazzolo, Parco Portello (area pedonale), ponte pedonale, piazza Valle (area pedonale), viale Scarampo (contromano), via Colleoni, piazzale Chiesa, via Emanuele Filiberto, corso Sempione (controviale)
- Km 39,9 - Km 42,195 (chiusura dalle 7.30 alle 17.00) - Via Fatebenefratelli, via dell’Annunciata, via dei Giardini, via Fatebenefratelli, piazza Cavour, via Senato, corso Venezia, piazza San Babila, corso Matteotti, piazza Meda, via San Paolo, corso Vittorio Emanuele, piazza Duomo
- Da Km 40, Finish Relay Marathon (chiusura delle 4.00 alle 17.00) - Via Fatebenefratelli, via dell’Annunciata, via dei Giardini, via Fatebenefratelli, piazza Cavour, via Palestro
- Charity Village (chiusura dalle 00.01 di sabato 5 aprile alle 24.00 di domenica 6 aprile) - Via Marina